Nuestro pueblo fue fundado el 24 de febrero de 1890 por el Dr. Luciano Leiva, que entre 1894 y 1898 ejercería el cargo de Gobernador de la Provincia de Santa Fe.

Margarita nació en torno a una de las muchas estaciones de ferrocarril del ramal Santa Fe-Reconquista, creado en el marco de la explotación de la industria maderera de la cuña boscosa.

Aunque no hay documentación precisa sobre el origen del nombre de nuestro pueblo, la tradición oral lo atribuye a un homenaje a Margarita, una joven mujer del pueblo que habría enamorado a su fundador.

La historia de Margarita posee una fuerte impronta religiosa, consolidada a principios del siglo XX, cuando los vecinos del pueblo se encomendaron a San Roque en el marco de una peste de viruela negra que asolaba el pueblo. Desde entonces, San Roque fue consagrado como Santo Patrono de nuestro pueblo, y cada 16 de agosto se lo conmemora con una fiesta religiosa en su honor.

La Iglesia principal del pueblo está dedicada a su Santo Patrono. En el templo puede encontrarse una figura tallada de la Virgen Morena, hallada en las tolderías Mocovíes cercanas al trazado del pueblo.

La Comuna de Margarita es una de las más antiguas de la región y fue creada el 31 de enero de 1899.

Actualmente, Margarita se destaca por su tradición cooperativista, que organiza su dinámica producción ganadera y cerealera.

Entre sus fiestas populares más representativas se encuentra, la Fiesta Provincial del Locro, declarada de interés provincial por el Gobierno de la Provincia de Santa Fe.